ANULACION DE PARTIDA? por existencia de 2

Necesito consultarles tengo un caso de un señor que esta en USA y es salvadoreño del departamento de la Union el tiene 2 partidas de nacimiento la primera acentada solo por la madre y la segunda asentada por el padre es decir aparecen los nombres de sus dos padres y por ende reconocido como hijo... el necesita hacer unos tramites en USA y quiere anular la primera y quedarse con la que el padre lo reconocio.. las 2 partidas fueron acentadas el mismo mes en dias diferentes.. ahora necesito poder de que tipo para hacerlo? se puede tramitar en la alcaldia de la union esa anulacion? o que procedimiento tengo que seguir??

De conformidad al art. 138 del Código de Familia, deberán seguirse diligencias de filiación ineficaz, vía judicial.

Esto solo en el Juzgado de la Union se puede solicitar? o se podria en San Miguel?