Espero te sirvan estas ideas:
PRIMERO: definitivamente los logos, signos, emblemas u otros deben registrarse en el Registro de Comercio, ya que entiendo que la fundación se constituyó y en los estatutos de la misma se tuvo que hacer mención de tales, pues desde su "nacimiento a la vida jurídica" se deben poner de acuerdo para el uso de los mismos.
SEGUNDO: los logos, emblemas, etc., los usará la fundación para la ""identificación"" sólo de la fundación ?
o los usará para comercializar algún producto ya terminado ?
TERCERO: recuerda que la fundación es sin fines de lucro pero su identificación debe ser distinta de toda otra de las empresas que ya existen, para que ninguna otra persona los utilice