Comprendo tu situación, pues yo trabaje en esa area en una empresa, te dare algunos consejos:
En primer lugar cada empresa debe tener su Reglamento Interno de Trabajo, lo cual es fuente de ley según el código de trabajo, este como es revisado en el Mitrab, no puede tener ninguna disposición que violente los derechos de los trabajadores, en él, se puede regular todo este tipo de anomalías que se están dando donde trabajas, es necesario que establezcas si los permisos son pagados o no, los del ISSS descuentan pero en los casos de los personales en algunas empresas descuentan las horas que faltaste, hay que empezar a exigir comprobantes pues en muchas ocasiones los empleados utilizan privilegios como ir al seguro para tomarse mas tiempo, por lo que la opción que te da el colega summum, es acertada en cuanto les debes de exigir que les marquen el certificado con la hora de entrada y salida, eso hará que tomen conciencia del tiempo, en la empresa donde yo trabaje debían hacer una solicitud por escrito, donde justificaban el permiso y especificaban como iban a reponer las horas perdidas, por ejemplo saliendo media hora después de lo acostumbrado durante tantos días, etc. También, si un permiso no se justificaba, con algún documento o comprobante que lo validara, se les descontaba e día y el séptimo, con este hay que conocer bien la legislacion para no cometer una injusticia que luego te traiga problemas, el caso de las mujeres embarazadas es especial, pero debes hacerle ver a esta persona que la única incapacidad valida para exigir un subsidio es la del seguro, por lo que al dar a luz, sino le extienden incapacidad del seguro la empresa no responderá, no le pagara por los días que ella no trabaje, pues quien hace eso es el seguro. ojala te sirva de algo.
Te recomiendo ademas que consultes al Ministerio de Trabajo, podes pedir una cita o acudir y pedir asesoria, es de mucha ayuda, pues donde yo trabaje hicieron eso y nos funciono mucho.
Suerte.