Buenos días.
Recuerde colega que la prestación por vacaciones es de 15 días de salario más un recargo del 30% sobre ese monto. Es decir, el pago de vacaciones es finalmente salario, por lo que se le aplican las retenciones de renta (si procede), ISSS y AFP.
En el caso de un despido, se incluye dentro del valor a liquidar al trabajador, lo que correspondería en concepto de vacaciones proporcionales. Nuevamente, es salario (solo que en este caso, otorgado por Ley), por lo que sobre este concepto, se debería retener ISSS y AFP. No así, sobre el pago que se recibe en concepto de Indemnización, el cual solo estaría sujeto a la retención de cuota alimenticia.
Saludos.