En mi opinión, si usted cuenta con elementos probatorios que desvirtúen la narración de los hechos, no sería tan difícil, siempre y cuando no haya prueba pericial que claramente implique a su cliente... mas que el dicho de la víctima. Trate de probar que efectivamente su cliente se encontraba en otro lado, por ejemplo, si se encontraba trabajando, o con prueba testimonial.
De igual forma, es posible que el juez valore el hecho de que simplemente la prueba pericial no es suficiente, o que falte, como un peritaje psicológico de la víctima. Aún así, me parece ilógico que en la misma teoría fáctica se haga mención de que el imputado se encontraba en otro lado, le sugiero que revise bien la narración de los hechos así como la entrevista de la víctima, que si es insuficiente, y para ayudar a desvirtuarla, puede solicitar la ampliación de la misma.