Me parece que si se puede pedir la nulidad de segundo asiento, aunque la ley transitoria del Registro del estado familiar, en el articulo veintisiete rece que, que toda persona debe tener un solo asiento de partida de nacimiento y no mas, por lo tanto los que hubieren demás son asientos ineficaces, sin embargo si se logra probar al juez que su cliente ha hecho uso del segundo asiento, con esa saco su DUI y NIT, todos sus documentos los ha sacado esa identificación, inclusive títulos etc, en lo personal soy del criterio que un Juez amplio de criterio le dara prioridad al segundo asiento, ojo se debe saber plantear bien la pretensión y la prueba, si puedo conseguirte un borrador del caso te lo envio ok. suerte.