larss, si el caso es que por error se coloco el segundo apellido del padre como primer apellido del hijo se puede arreglar judicialmente seguiendo diligencias de rectificación de partida de nacimiento, siempre y cuando la partida del padre no haya sido modificada despues del nacimiento del hijo.
No estoy segura si esa era la pregunta pero entiendo que esa es la situación, por vía notarial no puede cambiarse más que mediante un conocido por, que no es cambio de nombre, pero por vía judicial si es posible corregir el error.