Estimado amigo, si te están comunicando verbalmente los incumplimientos, aduciendo que es un plan especial y que por eso no es necesario emitir una resolución, lo más seguro es que no sea una "fiscalización" notificada en legal forma como tu piensas; sino que lo que realizaron fue una revisión amparados en una "Credencial".
Aunque estas eran prácticas del pasado (hace unos diez o quince años atrás) últimamente la Administración Tributaria a comenzado nuevamente a realizar verificaciones puntuales por diferentes planes (Ej. Ventas de inmuebles no declarada la ganancia de capital, cruce de información del F-987, etc.) las cuales esta realizando mediante la emisión de "Credencial" lo que implica que si bien es cierto, no estas obligado a modificar la declaración, por no ser en realidad una fiscalización la que posiblemente te han realizado, debes tener claro que de no atender las observaciones el caso será trasladado a la Unidad de Programación y Evaluación Tributaria (UPET), para que sea programada en esta caso la auditoria puntual, la cual en esta nueva oportunidad si será notificada en legal forma y seguro que de ahí no te escapas.
Te recomiendo que evalúes el efecto que podría resultar de no atender las observaciones, obviamente eso implica hacer un análisis del costo-beneficio de hacer uso de los atenuantes que la ley te ofrece por la modificación voluntaria vrs. pagar la multa e intereses hasta que te notifiquen la resolución.
Además debes tener en cuenta los recursos administrativos y judiciales a los que tienes derecho, en caso de no estar conforme a la resolución que emita la Administración Tributaria.