En base a la autonomía de la voluntad de las partes, respaldados por el art. 54 inciso 2° CT, que Ud. cita; Puede en garantía de ambas partes y de común acuerdo dar por terminado el contrato de trabajo MEDIANTE ACTA NOTARIAL en la cual se consignen las cláusulas bajo las cuales dan por términado el contrato, tales como determinar el tiempo de trabajo, los conceptos y montos de las cantidades que totalizadas adeudará el patrono al trabajador, así como las cantidades de dinero y cuotas que pagará, la forma del pago es decir si en cuenta de Banco del trabajador o personalmente contra entrega de recibo. (claro, sin olvidar la personería si el patrono fuere persona juridica). El Ministerio de Trabajo también tiene una especie de formato (puede usar este enlace.)
www.mtps.gob.sv/index.php?option=com_con...-servicios&Itemid=55